Напишу и сюда, раз в 
ru_root премодерация.
ssh от cygwin требует ssh-agent. PuTTY работает со своим pagent'ом. Запускать оба? А где запускать ssh-agent если, например, вы используете ssh и scp из скриптов или из FAR'а?
Я искал решение этой проблемы и нашёл пол-решения а пол-решения написал сам.
Итак, пол-решения: Charade. Это программка, собираемая cygwin'ом и, с одной стороны, выглядящая как ssh-agent, а с другой — как PuTTY, т.е. клиент pagent'а. Она тупо перекидывает байты и cygwin-сокета в канал для pagent'а и обратно. Ничего не шифрует, ничего не расшифровывает. Прокси.
Вторые пол-проблемы — куда пихать вывод запускаемой Шарады (который такой же как у ssh-agent'а) что бы его увидели все и везде запущенные ssh & Ko?
Я решил эту проблему так: я пихаю нужные переменные окружения в VOLATILE-окружение винды. Это то, что вы не можете отредактировать через GUI (там доступны только USER и SYSTEM-Части, которые сохраняются при перезагрузках). VOLATILE-окружение живёт только пока жива пользовательская сессия. То, что нужно. cygwin наследует всё windows-окружение и видит переменные, прописанные там.
Для запихивания нужного на каждом логине я написал вот такой JScript'ик:
var host = WScript.CreateObject("WScript.Shell");
var venv = host.Environment("Volatile");
// !!! REPLACE THIS WITH YOUR PATH TO CHARADE
var exec = host.Exec("C:\\cygwin\\bin\\charade.exe -c"); // CSH-style output is easier to parse
while(!exec.StdOut.AtEndOfStream) {
var line = exec.StdOut.ReadLine();
var words = line.split(" ");
if (words[0] == "setenv" && words.length == 3) {
// Remove last character, which is ';'
venv(words[1]) = words[2].substring(0,words[2].length - 1);
}
}
А в Star Menu/Programs/Startup я добавил ярлык для c:\windows\system32\wscript.exe <path-to-js-file>. Ну и запуск pagent у меня прописан там же. Так что ключи хранятся только в pagent'е, только он спрашивает пароли, а cygwin'овские утилиты работают с ним через прокси без лишних усилий и откуда бы они ни были запущены!
Надеюсь, кому-нибудь ещё кроме меня это будет полезно.
